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#本文本文件通过命令行中加入 "-mdin 本文本文件名" 读入，如果该文件名为mdin.txt且和SPONGE可执行程序处于同一文件夹，则可不在命令行中显示输入
#本文本文件内的所有参数指令均可通过加"-"前缀在命令行里面输入，例如 -cutoff 8.0 -skin 2.0
#v1.1版本 大括号往上一个命令不能用#屏蔽，例如xxx\n{\na=5.\n#b=5.}，会导致后续参数读入出错

#近邻表相关参数
cutoff=8.0,#进行LJ计算和PME直接部分计算时采用的截断半径
skin = 2.0;#截断半径外延半径，用于优化近邻表使用
neighbor_list
{
	refresh_interval = 0 #更新间隔，设置为0，则表示智能严格更新，其他非0整数代表等间隔更新
	max_atom_in_grid_numbers = 128#近邻表单个空间格子内能存储的最大原子数目
	max_neighbor_numbers = 1200#每个原子的最大近邻表邻居数，近邻表只记录上邻接矩阵上三角非零项
}
   
#分子模拟最基本参数选择
mode = NVT, #NPT  NVE Minimization共四种模拟模式选择，NPT和NVT需要与压浴和热浴适配
dt= 2e-3,#模拟步长,此处单位为ps
step_limit = 100000,#模拟总步数
write_information_interval = 1000#保存中间信息的间隔
write_restart_file_interval=1000#保存重启坐标和速度的间隔
molecule_map_output=0#保存的坐标是否按照分子整体进行周期性盒子映射
nve_velocity_max=20.#如果采用NVE的最大速度上限，此处单位为20.455 angstrom ps^-1

#热浴相关参数
thermostat = langevin_liu  #langevin共两种热浴选择
target_temperature= 270.0 #模拟的目标平衡温度，此处单位为K
langevin_liu #与langevin输入命令相同
{ 
	seed = 1  #随机数种子
	gamma = 2.0   #摩擦系数（碰撞频率），此处单位为ps^-1
	velocity_max=20.#采用热浴时的最大速度上限，此处单位为20.455 angstrom ps^-1
}

#压浴相关参数
#暂时屏蔽参数输入
#	target_pressure=1.#模拟的目标平衡压强，此处单位为bar
#	barostat=monte_carlo  #berendsen共两种压浴选择
#	bd_baro
#	{
#		tau=1.#压浴驰豫时间，此处单位为ps
#		compressibility=4.5e-5f#压缩系数，此处单位为bar^-1
#		update_interval=10#压浴动力学更新间隔
#	}
#	mc_baro
#	{
#		initial_ratio=0.01#控压初始体积最大变化百分数
#		update_interval=100#尝试更改体积的间隔
#		check_interval=20#每尝试更改check_interval次体积，进行体积最大变化率更新
#		residue_scale=1#按照分子内原子坐标不改变进行控压
#		accept_rate_low=30#改变体积时是否接受改变体积的最低控制概率accept_rate_low%
#		accept_rate_high=40.#对大概率accept_rate_high%
#	}

#restrain参数
#restrain
#{
#atom_id=tip4p_2880_system/ref_mask.txt #要进行restrain的原子编号列表文件
#weight=500.#restrain谐振势的强度，此处单位为kcal mol^-1 angstrom^-2
#coordinate=tip4p_2880_system/Ih_coordinate.txt #restrain的参考坐标对应的全原子坐标文件，v1.1版本读入amber格式的坐标文件可能有bug，后续版本改进
#}

#constrain参数
constrain_mode = simple_constrain,#目前只支持simple constrain：采用迭代法求解constrain内力
simple_constrain
{
	iteration_numbers=30,#迭代次数
	step_length=.9,#迭代时递进步长，如果是两体constrain，iteration_numbers=1，step_length=1.得到解析值
	mass=3.#通过原子质量判断该原子所参与的bond和angle是否需要constrain，此处单位为g mol^-1
	#in_file=tip4p_2880_system/Ih_constrain.txt #用给定文件指定需要constrain的pair
}

#PME静电力计算的参数
PME
{
#Direct_Tolerance=1e-6#直接部分计算精度接受的相对误差
#fftx=10#进行傅里叶变换时的x方向划分的格子数目
#ffty=20#y方向
#fftz=30#z方向
}

#XRD3D计算参数
XRD3D
{
	atom_in_file=tip4p_6912_system/xrd3d_atom_list6912.txt,
#做XRD3D计算的原子列表（一般选重原子）
	theta=11.95,#衍射角角度，角度制
	lambda=1.5406,#布拉格衍射公式X-ray波长参数lambda
	attenuation_coefficient=0.005,#物理上XRD3D的衰减因子exp(-s*r*r)
	Nx=64,#进行傅里叶变换时的x方向划分的格子数目
	Ny=64,#进行傅里叶变换时的y方向划分的格子数目
 	Nz=64,#进行傅里叶变换时的z方向划分的格子数目
}

#Meta1D计算的参数
meta
{
 #Read_Potential_File=Meta_Potential.ini,#记录Meta势能曲线的文件
 Write_Potential_File=Meta_Potential.txt,#记录Meta势能曲线的文件，每间隔meta_Potential_Update_Interval更新到文件
 Cv_Minimal=-1,#CV的格点下限
 Cv_Maximum=5,#CV的格点上限
 dCv=0.01,#CV的格点间隔
 Height=1000.,#Meta的峰高度
 Sigma=0.05,#Meta的峰宽
 Wall_height=1000000.,#边界上的额外势能高度
#Potential_Update_Interval=10000,
 WellTemp_Factor=500.,#Well-temperature Meta，增加势能随时间衰减因子，缺省值为1000000000，很大时几乎没有衰减，退化为通常的Meta
}

#分子模拟体系的基本输入输出文件参数
	mdout=mdout.txt #记录各种能量和温度等参数，每间隔write_information_interval输出到的文件
	mdinfo=mdinfo.txt #记录初始化和结束时整个模拟的各种参数信息的文件
	box=box.txt #记录体系周期性盒子大小信息的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	crd=mdcrd.dat #记录体系原子坐标的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	rst=restart #记录体系此时速度和坐标的文件，每间隔write_restart_file_interval输出到的文件

	#体系初始坐标和速度
	coordinate_in_file = tip4p_6912_system/Ic_coordinate.txt
	#velocity_in_file = tip4p_6912_system/Ic_velocity.txt

	#体系的各种基本拓扑信息
	residue_in_file = tip4p_6912_system/Ic_residue.txt
	mass_in_file = tip4p_6912_system/Ic_mass.txt
	charge_in_file = tip4p_6912_system/Ic_charge.txt
	LJ_in_file = tip4p_6912_system/Ic_lj.txt
	exclude_in_file = tip4p_6912_system/Ic_exclude.txt
	virtual_atom_in_file = tip4p_6912_system/Ic_vatom.txt
	bond_in_file = tip4p_6912_system/Ic_bond.txt

end_pause=0#分子模拟运行结束后，是否保留程序处于末尾阶段，还是直接退出