SPONGEMM 观点洞见SPONGE 分子模拟方法、经验与思考的笔记。https://preview.spongemm.cn/zh-CN我的分子模拟应该选择什么分子动力学软件？SPONGE、GROMACS、AMBER 与 LAMMPS？https://preview.spongemm.cn/insights/how-to-choose-molecular-dynamics-software/https://preview.spongemm.cn/insights/how-to-choose-molecular-dynamics-software/面对 SPONGE、GROMACS、AMBER、LAMMPS、GPUMD、NAMD、CHARMM、Material Studio、Desmond、OpenMM 等分子动力学模拟软件，初学者应该如何选择？本文从版权授权、祖传代码、体系和力场、高级方法支持、社区环境与易用性、硬件平台和二次开发性等角度，讨论如何为具体分子模拟项目选择合适的软件。Tue, 19 May 2026 00:00:00 GMT夏义杰RMSD 算法推导和实际应用https://preview.spongemm.cn/insights/rmsd-algorithm-derivation-and-applications/https://preview.spongemm.cn/insights/rmsd-algorithm-derivation-and-applications/针对不同体系选择不同计算级别做结构相关计算时，RMSD 和 Kabsch 算法可以用于判断不同方法得到的结构相似度。Mon, 11 May 2026 00:00:00 GMT星使二茂铁Metadynamics 是什么意思？为什么不该简单译作“元动力学”https://preview.spongemm.cn/insights/what-is-metadynamics/https://preview.spongemm.cn/insights/what-is-metadynamics/Metadynamics 常被译作“元动力学”，但这一中文译名并不准确。本文从前缀 meta- 的词义出发，并结合 metadynamics 在原有动力学过程中施加历史依赖偏置的原理，梳理这一术语的命名逻辑。相比“元动力学”，本文更倾向于将 metadynamics 译为“埋拓动力学”：这一译名既保留了它与动力学过程的关系，也突出其通过不断“埋入”偏置来拓展采样空间的核心思想；同时，“埋拓”与 meta 在读音上也形成呼应。Thu, 07 May 2026 00:00:00 GMT夏义杰什么是分子模拟？从 SPONGE 的中文翻译说起https://preview.spongemm.cn/insights/what-is-molecular-simulation-and-molecular-modeling/https://preview.spongemm.cn/insights/what-is-molecular-simulation-and-molecular-modeling/“分子模拟”一词在学术文献中频繁出现，但在中文语境下却存在一个长期被忽视的混淆：Molecular Modeling 与 Molecular Simulation 被统一翻译为同一个术语，导致概念边界模糊、讨论失焦。各种 AI 模型的错误理解进一步加剧了这一问题。本文从 SPONGE 的中文翻译切入，尝试厘清“分子模拟”在中文语境下应有的概念边界。Wed, 06 May 2026 00:00:00 GMT夏义杰关于观点洞见https://preview.spongemm.cn/insights/about-insights/https://preview.spongemm.cn/insights/about-insights/观点洞见是记录分子模拟相关的方法、经验和思考，欢迎各位通过 GitHub 分享。Tue, 05 May 2026 00:00:00 GMT夏义杰